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Eppendorf 艾本德中国

入驻年限:17

  • 联系人:

    徐文婷

  • 所在地区:

    上海 徐汇区

  • 业务范围:

    实验室仪器 / 设备

  • 经营模式:

    生产厂商

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组会变成狼人杀!大师姐的 qPCR 出错,罪魁祸首是谁?

1141 人阅读发布时间:2024-07-02 18:13

组会变成狼人杀!大师姐的 qPCR 出错,罪魁祸首是谁?主题为:天黑请闭眼,谁动了我的 RNA。

师姐:你们每人可以说一句话为自己辩解。

师妹:不是我师姐,我这周都泡在动物房基本没碰冰箱和仪器。

师兄:我最近着急投论文呢,也是一周没进实验室了,怎么就出这种事儿了?

师弟:不是我昂,我这周一直在看文献憋综述呢,实验区压根就没碰过。

师姐:我这批样本剩余不多了,真的事关毕业,如果不是你们,那可能是我操作失误?我现在捋一遍实验步骤,大家帮我看看究竟是哪里出了问题?

 

就这样,主人公自述的案件过程公开了:

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关键步骤及具体操作要点

 

1. 准备阶段:

耗材:枪头、镊子、枪头盒、PCR 管均采用高温消毒灭菌的方式处理。EP 管需要保持无酶,可预先在超净台取出放置,减少与外界空气接触。

 

试剂:DEPC 水用于配置 RNA 相关试剂,注意其特殊处理要求;PCR 反应体系中各组分多为直接购买的无菌试剂,按需直接使用。

 

实验室管理:实施严格的分区管理,定期紫外线与消毒剂消毒台面;离心机预冷;实验人员需穿戴防护装备,遵守操作规程,控制人员流动。

 

污染防控:设置对照以监控实验过程中可能的污染情况。

 

2. RNA 提取阶段:

RNA 沉淀:将上层 RNA水相溶液取尽(缓慢转移),每 1 mL Trizol 试剂加 0.5 mL 异丙醇,室温静置 10 min(不要吸到下面中间层,宁缺毋滥)。4℃ 孵育后离心 10 min。EP 管底部的白色沉淀即为总 RNA 沉淀,弃去上清(先粗吸,后细吸,可以大枪头套小枪头)。

 

RNA 洗涤:用 75% 乙醇(用 DEPC 水,现配现用)重悬沉淀,采用瞬时漩涡震荡 10 余次,离心后弃上清。可再离心 1min 将挂壁乙醇甩到管底,吸干剩余乙醇,将 RNA 沉淀在空气中干燥 5~10 min(需保持 RNAfree 的环境,可倒扣在吸水纸上,开盖空气干燥)。

 

RNA 溶解:用 20~50 μL 不含 RNase 的水充分溶解沉淀,取部分检测RNA质量。

 

tips

1.若 RNA 沉淀量很少,可在 EP 管外标记位置后进行室温晾干。

2.若 RNA 沉淀量很少,可以晾 3~5min;若沉淀量较多,可以晾 5~10min。

3.晾干后可用吸水纸擦拭管口未干的液滴。

 

3. 样本存储阶段:

将 RNA 置于 -80℃ 冰箱保存,如需长期稳定保存,可加入 RNA 稳定剂,并定期监测 RNA 完整性。

 

4. 逆转录阶段:

反应条件优化:基于 RNA 质量调整逆转录参数,重点关注退火温度设置,确保引物与 mRNA 模板的特异性结合。

 

时间调整:灵活设定逆转录反应时间,既要保障 cDNA 的完整合成,也要避免非特异性产物积累。

 

效果验证:利用定性 PCR 检验逆转录效率和 cDNA 质量,作为优化逆转录条件的依据。

 

5. qPCR 扩增阶段:

设定适宜的 PCR 循环参数以确保有效变性、特异退火和充分延伸,同时选用特异性强、灵敏度高的引物,并搭配验证过的定量 PCR 试剂盒进行实验。

 

 

师姐回忆,这次实验有 3 个操作至关重要

 

在进行 RNA 实验时,无论是提取、保存还是进行 PCR 逆转录,每一环节的操作都需谨慎细致,以保证 RNA 的完整性与活性。其中,离心、温控和样品管理等关键技术点对于实验结果的准确性有着不可忽视的影响。

 

在 RNA 提取过程中,离心步骤至关重要:

操作时务必关注离心温度与时间,确保在不影响 RNA 稳定性的前提下有效分离样本组分。离心温度应保持 4℃ 低温,使用无酶的 ep 管,以防 RNA 降解,同时避免过久离心导致 RNA 受损。推荐使用 Eppendorf 5425 R 高速冷冻离心机,该设备拥有优异的温度控制系统和精确的时间管理功能,能在最高转速下(15,060 rpm)稳定维持 4℃,有效保护 RNA 不受温度影响。离心结束后会自动开启计时功能,帮助掌握样品处理时间,更好避免样品损失。

 

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RNA 提取和储存阶段的降解问题应引起高度重视:

RNA 会与 ep 管的管壁产生黏附,这会降低离心效果及结果准确性。建议使用无核酸酶的低吸附材质离心管,如 Eppendorf DNA LoBind® 低 DNA 吸附离心管,以减少提取和储存过程中 RNA 的损失,且无析出物干扰后续检测。此外,储存环境的温度波动也会引起 RNA 的降解。使用带管理权限的超低温冰箱,如 Eppendorf F740hi,电子门锁仅允许特定授权人员打开冰箱,可以防止随意频繁开关门造成的温度波动。复温速度快也可减少温度波动对样品的不良影响

 

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进行逆转录 PCR 时,注意严格控制温度:

尤其要关注变性、退火和延伸阶段的温控精准性,这对逆转录反应的成功至关重要。Eppendorf Mastercycler X40 梯度 PCR 仪的模块温控精准度高达 ± 0.15℃,可确保在设定的温度下精准、高效转录,同时有效避免非特异性产物。在逆转录时还要防止样品蒸发,SafeLid 热盖可以根据不同规格耗材施加理想的压力,避免样品蒸发的产生,提高后续实验操作的有效性。

 

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师弟:好详细的案件回顾,我找不到任何问题。排除这些因素,剩下的答案只有一个。

师妹:我突然想到上周,隔壁实验室的小师妹又来借实验室做 qPCR,她不是第一次来了,所以我没特别关注,是不是动了冰箱里的样本啊?

师姐:我去看看监控。

 

就这样破案了!隔壁罪犯师妹「借实验室」后,不小心弄坏了样本。

 

大实验室设备环绕,往往是借仪器的重灾区,大到成像仪、小到离心机,但其实这背后有很多「安全隐患」。通过进一步调查,借用期间隔壁师妹为了找试剂,把一整格冰箱里的东西都拿了出来,时间长达 30 分钟,RNA 样本大概率是因为温度升高导致降解;而且,在同一平台上进行多个项目实验时,尽管进行了清洁与消毒,仍有可能发生了微弱的样本污染。这一事件给所有成员敲响了警钟,实验室资源共享虽好,但必须加强管理并严格执行实验操作规程。

 

大师姐的 qPCR 悬案告破,后续她重提了 RNA,qPCR 结果漂亮得没话说。一个成功的 qPCR 除了防止外围因素干扰,自身稳固的科研能力格外重要。Eppendorf 助力科研人的 qPCR 实验,推出了一系列专业、高效的实验室设备和耗材,旨在助力科研工作者们更加精准、高效地完成 qPCR 实验!

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